Die sogenannte biliopankreatische Teilung ermöglicht die größte Gewichtsreduktion. Statistisch werden 70 bis 80 % des Übergewichts innerhalb von 2 Jahren verloren.

Dieses Verfahren wird bei Patienten mit einem BMI ab 55 kg/m2, empfohlen. Bei Patienten mit Diabetes ist diese Operationsmethode höchst effektiv und führt in fast allen Fällen zu einer vollständigen Remission (Rückgang) dieser Erkrankung.
Man unterscheidet zwischen der älteren biliopankreatischen Teilung nach Scopinaro und der neueren biliopankreatischen Teilung mit duodenalem Switch. Beim letzteren Verfahren wir der Pylorus (Magenausgang) erhalten, was die Entstehung des so genannten Dumpings verhindert. Bei der Operation mit duodenalem Switch wird laparoskopisch der Magen längsseitig verkleinert (Schlauchmagenbildung) oder beim Scopinaro ein Magenpouch ähnlich aber deutlich größer als beim Magenbypass gebildet.

Bei beiden Verfahren erfolgt also in der Regel eine Magenteilresektion. Die Dünndarmschlingen werden in der Art und Weise umgeleitet, dass ein alimentärer Dünndarmschenkel und ein Enzym-Schenkel entstehen. Diese werden später in Richtung Dickdarm zu einem gemeinsamen Kanal zusammengeführt. Die Länge dieses Kanals beträgt 50 bis 100 cm. Erst hier wird die Nahrung verdaut und aufgenommen. Nahezu unabhängig von der aufgenommenen Nahrung wirkt diese Operation überwiegend (BPD-DS) bzw. fast ausschließlich (Scopinaro) durch Malabsorption, was vergleichbar dem Magenbypass eine umfangreichere lebenslängliche Substitutionstherapie notwendig macht. Die ernährungstherapeutische Nachbetreuung ist hier besonders wichtig, da es sonst zu schwer wiegender Mangelernährung kommen kann.